در مورد عوارض مکمل کراتین مانند تاثیر روی عملکرد کبد و کلیه، ریزش مو، ایجاد کم آبی و گرفتگی عضلات، و مشکلات گوارشی بسیار صحبت شده است. اما تا آنجا که تحقیقات نشان می‌دهند در واقع مکمل کراتین یکی از بی‌خطرترین و ایمن‌ترین مکمل‌های ورزشی به شمار می‌آید. بیشتر عوارضی که در رابطه با کراتین مطرح می‌شود، در واقع پشتوانه علمی ندارد. و مانند هر مکمل دیگری در صورت مصرف میزان مجاز و در نظر گرفتن وضعیت سلامت بدن، مشکلی وجود نخواهد داشت.